BUGJA

BUGJA（バグジャー）: Bioperl Users Group in Japan †

BUGJA って何? †

BUGJA（ばぐじゃー：Bioperl Users Group in Japan）は、Perl のバイオ系のモジュール群である bioperl ( http://www.bioperl.org/ ) の日本でのユーザーグループです。 日本語のドキュメントを整備したり、日本語で議論のできる場をつくっていきます。

ドキュメント †

主に、使用事例を中心に充実させたいと考えています。

サンプルスクリプト †

• term2pmid.pl … PubMed? にクエリを投げて、PMID をとってくる
• pmid2abst.pl … PMIDリストファイルから、abstract のXMLファイルを得る
• fasta.multi2single.pl … multi-FASTA ファイルを single-FASTA ファイルに分割する

使う †

• とりあえずBioPerlを使う … 旧コンテンツのものを暫定的にうつしました。
• 文献データを扱う（PubMed編）
• 文献データを扱う（PubMed Central編）
• OMIM を扱う
• TRANSFAC データを扱う
• Taxonomy データを扱う

インストールする †

• BioPerlのインストール … 旧コンテンツのものを書きかえ中です。

予定 †

• 旧コンテンツの書き直し
• サンプルスクリプトとその解説
• どうやってbioperlを習得するか
• 使用事例の紹介/チュートリアル
  • クマムシ本 (bioruby) とか BioJava? in Angerとか、BioPython? のマニュアル和訳とか、ああいう感じの BioPerl? 版がほしい
• もろもろ
  • 応用例：EMBOSSとの連携、EnsemblのAPI、gbrowse のあたり
  • 翻訳
    • bptutorial: http://bioperl.org/Core/Latest/bptutorial.html
    • Beginners How To: http://bioperl.org/HOWTOs/html/Beginners.html
  • 周辺技術のドキュメント化（翻訳など）
    • バイオ系ツールについて：インストールとかフォーマットとか
    • Perlモジュールについて
    • などなど

※ リクエスト募集中です

ディスカッション †

• ML … http://sourceforge.jp/projects/bugja/lists/ から登録・閲覧などできます。

リンク †

• Bioperl（本家）: http://www.bioperl.org/

BUGJAについて †

• 設立の経緯
• 歴史（更新履歴概略）
• このサイトへのリンクについて
• ロゴについて

現在進行中 †

• このページの整備
  • 旧ページである http://chalk-less.org/w/index.php?BioPerlUsersGroup から、コンテンツを移す作業をしています。
• ロゴの製作
  • 製作・公開しました（06/2/28）。
  • 色など、細かいところを直すかもしれません。
  • ご感想などお寄せくださいませ。
• などなど

Memo †

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